增值税普通发票在入账时，必须是建立在真实业务基础上，并且与企业生产经营有关，才能在税前扣除。同时，要注意区分资本性支出和费用性支出。
发票入账要把握三个原则——业务真实发生、发票形式合法、发票与企业的业务有关联性
具体政策可以参考国家税务总局公告2018年第28号
企业在计算应纳税所得额时，有一个基本规定，只有实际发生的，与取得收入有关的、合理的支出才允许在税前扣除，而在税前扣除，自然需要凭借合法的扣税凭证了。扣税凭证包括了发票、财政票据、完税凭证、收款凭证、分割单等。
发票作为扣税凭证的最主要类型，在企业入账时需要把握三个原则：
一、真实性，发票所反映的经济业务必须是真实的，并且支出已经实际发生。
不是凭空开出来的一张发票。如果企业为了税前多扣除，少交企业所得税，随意取得一些没有实际业务的发票，从发票管理角度来说是虚开，从企业所得税角度来说是虚假凭证，不允许税前扣除，是逃避缴纳税款的违法行为。
二、合法性，发票的形式、来源合法，也就是形式上必须合法合规。
如果企业确实发生了一笔费用，但是发票弄丢了，没有发票，就随便补了一张白条入账，那也是不允许的。虽然业务真实，但是形式上也必须符合发票管理的有关规定。
三、关联性，发票与其反映的支出相关联且有证明力。
把原本不能计入企业成本费用的发票入账的情况也很普遍。例如，企业老板或者员工私人用车的费用，像过路费、汽油费等发票在企业账上登记，在税前进行扣除。这类业务虽然真实发生了，发票也是合法合规的，但是与企业的生产经营收入是无关的，当然就不能在税前扣除了。
在发票入账时，要区分资本性支出和费用化支出，不可一律计入当期的期间费用。
不管是会计的权责发生制要求，还是税法的规定，企业实际发生成本支出时，应当区分为资本性支出和费用化支出，资本性支出要计入资产的成本，分期折旧或者摊销，分期扣除费用；而费用化支出，可以在当期直接扣除。
例如，购入一台机器设备，当然不可能把支出全部在当期扣除了，只能在折旧之后分期扣除；而市场营销人员出差费用这些，是计入销售费用的，在费用发生的当期可以直接扣除。
如果企业取得的增值税普通发票抵扣了进项税额，应当按照剩余的不含税金额入成本或者费用账。
通行费的电子增值税普通发票是能够抵扣进项税额的
少部分增值税普通发票是可以抵扣进项税额的，包括农产品销售发票或收购发票，国内旅客运输服务取得的企业抬头的电子增值税普通发票、通行费电子增值税普通发票，这三类发票都是可以抵扣进项税额。在计入企业成本或者期间费用时，应当把已经抵扣进项的部分剔除，剩下的不含税金额才能入账。
