1.使用方面有区别
微信公众号商城的层级较多，以微趋道基于微信认证服务号开发的商城为例，需要用户关注服务号，点击自定义菜单，进入对应页面至少三步操作。如果是有赞这种订阅号加外链商城的方式，则后期使用至少需要四步操作，即打开订阅号折叠栏，打开对应订阅号，点击自定义菜单，进入对应页面。从上述描述，可以看到用户打开商城的操作步骤比较繁琐。
小程序没有任何层级，直接扫码或者点击就能打开，可谓一步到位，用户操作步骤相当简单，更利于商家推广和留存客户。
2.体验方面有区别
传统公众号开发借助的是HTML5技术，稳定性和流畅性比不上原生态APP。小程序拥有近乎原生态APP的体验，并且无需安装、注册和卸载，更不用考虑针对不同应用系统单独开发，以及不同手机型号的兼容性问题，加载更快，体验更流畅。
3.价格方面有区别
原来做微信公众号开发的第三方公司，基本上都很清楚小程序的趋势将不可阻挡。
很多技术服务商比较激进，将小程序开发与公众号开发彻底独立开来，让用户能以更低的成本开发小程序，原来做一个公众号商城需要四千多，现在做一个小程序只需要两千多。
4.运营方面有区别
都知道微信公众号是基于粉丝运营的，不管是原创内容，还是搞各种营销活动，无非是为了吸引用户关注，然后再想法子转化他们，引导他们在商城里面消费。所以做了微信商城的用户做一个商城只是开始，后期需要想法设法吸引别人关注，其实这个也不是很大的问题，基本上做一场活动，让一次利就能吸引不少人，问题是关注后这些人绝大部分最终成为僵尸粉，或者取消关注了，所以运营对于商家来说是个头疼的问题。
微信小程序很简单粗暴，就是基于用户的使用和消费场景，如用户需要购买什么东西，刚好有个对应的小程序出现，交易就能达成，省却了中间所有的环节，不需要运营者绞尽脑汁的吸引关注。
